1. 제안 배경
사립대학은 우리 고등교육의 중요한 축으로, 인재 양성과 학술 연구의 중추적 역할을 수행해 왔습니다. 그러나 최근 급격한 학령인구 감소와 등록금 동결, 코로나19로 인한 재정 충격 등으로 대학의 재정 여건은 갈수록 악화되고 있습니다. 특히 사립대학은 자체 재원 조달이 필수적이나, 현행 제도상 수익용 기본재산의 활용에 많은 제약이 존재합니다.
이에 따라 대학법인이 보유한 저수익 자산을 고수익 자산으로 전환함으로써 재정 안정성과 지속가능한 발전 기반을 마련할 수 있도록 「조세특례제한법」 제104조의16 및 관련 시행령의 개정이 필요합니다.
2. 현행 제도의 한계
현행 「조세특례제한법」은 대학법인이 수익용 기본재산을 양도하고 양도일로부터 1년 이내에 대체 취득하는 경우, 양도차익에 대해 3년 거치·3년 분할로 익금에 산입토록 하여 법인세 과세를 일부 이연할 수 있도록 하고 있습니다(2007년 도입). 이는 재정 취약 대학의 자산 재구성을 통한 수익 증대를 유도하기 위한 제도입니다.
그러나 실무상 다음과 같은 문제로 인해 제도의 실효성이 제한되고 있습니다:
양도차익 과세 부담: 대체 취득이 고유목적사업 외 지출로 간주되어 익금에 산입되며, 이자 상당액까지 추가 부담.
과세이연 효과의 한계: 3년 거치, 3년 균분 산입 방식은 실질적인 과세 유예 효과가 미미하여 재정운영 부담이 여전함.
재투자 유인의 약화: 교육부는 저수익 자산 매각과 고수익 자산 취득을 장려하고 있으나, 조세부담으로 인해 자산 재구성 실행이 어려움.
3. 제도 개선 필요성
현재 대부분의 사립대학은 교육 여건 개선을 위한 투자 여력이 부족한 상황이며, 교육부 역시 수익창출형 자산으로의 전환을 권장하고 있습니다. 그러나 양도차익에 대한 실질적 조세 부담은 수익용 재산 재편성을 가로막고 있습니다.
또한 선진국 사례를 보면, 미국·영국 등은 교육법인에 대해 양도차익 과세를 면제하거나 유예해 대학의 자산 운영 자율성과 재정 건전성을 제고하고 있습니다.
4. 건의 내용
이에 다음과 같이 법령 개정을 건의드립니다:
(1) 「조세특례제한법」 제104조의16 개정
수익용 기본재산 대체 취득 시, 양도차익 전액에 대해 과세이연이 가능하도록 특례 확대
대체 취득 기한을 현행 1년 → 2년으로 연장
'양도차익 과세이연 기간을 대체 취득 자산 처분 시까지 과세이연하되, 이후 반복적인 재투자 시에도 과세이연 적용'
(2) 동법 시행령 개정
대체 취득 자산의 범위에 유가증권 등 수익 창출이 가능한 자산 포함
법인의 재정 안정성과 수익 다변화를 위한 자산 운용 유연성 확보
5. 기대 효과
대학의 자산 재구성 활성화를 통한 수익성 제고 및 지속가능한 재정 구조 확립
정부 재정지원 의존도 완화 및 재정 자립 역량 강화
교육 및 연구환경 개선 재투자 확대 → 국가 고등교육 경쟁력 강화
6. 결론
사립대학이 직면한 재정위기를 극복하고, 글로벌 교육 경쟁 속에서 우리나라 고등교육의 질적 향상을 도모하기 위해서는 학교법인의 수익용 기본재산 운용에 대한 제도적 유연성이 필수적입니다. 조세특례제한법령의 개선을 통해 양도차익 과세 부담을 합리화하고, 대학의 자율적 재정운용을 지원해 주시길 간곡히 요청드립니다.
(사)한국대학법인협의회 회장 노찬용
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